O Instituto Todos pela Saúde (ITpS) participou do workshop internacional Findings: Metagenomics from the Bench to Clinical Interpretation (Metagenômica da Bancada à Interpretação Clínica, em português), promovido pelo Instituto Oswaldo Cruz (Fiocruz) em parceria com a Agência de Cooperação Internacional do Japão (Jica). Realizado no Rio de Janeiro, o curso reuniu profissionais de laboratório, bioinformatas e clínicos de diferentes regiões do país para colocar em prática, lado a lado com pesquisadores japoneses, uma pergunta que ainda não tem resposta consolidada: quando a metagenômica deve entrar na rotina do diagnóstico?
Pela equipe do ITpS, participaram o coordenador científico Anderson Brito e os pesquisadores Bárbara Chaves, Filipe Moreira e Matheus de Andrade, que integraram grupos multiprofissionais formados para o workshop.
A dinâmica do workshop partiu de casos clínicos infecciosos de etiologia desconhecida inspirados em relatos de casos publicados em periódicos científicos: pacientes que chegavam ao consultório médico e, mesmo com uma síndrome já definida – como respiratória, por exemplo –, obtinham resultado inconclusivo para os testes focados nos vírus mais comuns. A proposta, então, era investigar se a metagenômica conseguiria apontar o que os testes convencionais não haviam encontrado.
Esses casos foram adaptados e distribuídos entre grupos multiprofissionais, cada um acompanhado por um clínico desde o primeiro dia. Na primeira semana, dedicada ao trabalho de bancada, as equipes de laboratório prepararam amostras – não as originais dos casos, mas suficientes para reproduzir toda a técnica – e conduziram o sequenciamento. Na segunda semana, sob condução do pesquisador Gabriel Wallau, também consultor científico do ITpS, entrou a etapa de bioinformática: um pipeline desenvolvido para o curso permitiu montar os genomas presentes em cada amostra e tentar identificar o patógeno responsável pelo quadro.
No grupo de Bárbara Chaves, por exemplo, a análise revelou uma variedade de bactérias e alguns vírus. Duas abordagens de análise foram testadas e comparadas até a equipe concluir que o agente responsável pelo caso era o vírus parainfluenza 3. Outros grupos chegaram a resultados semelhantes; alguns, no entanto, não conseguiram identificar um agente que explicasse o quadro clínico – um desfecho que, segundo Bárbara, também faz parte da realidade da metagenômica.
Foto: Fiocruz
Identificar um microrganismo na amostra é só parte do problema. Mesmo depois da etapa de bioinformática que remove o material genético humano, sobra uma diversidade de microrganismos cuja relevância clínica não é óbvia. No caso do grupo de Bárbara, a presença da bactéria Streptococcus pneumoniae numa amostra de swab orofaríngeo levantou a dúvida: seria parte da microbiota, coletada no momento da amostragem, ou um patógeno que estava contribuindo para o quadro do paciente com uma infecção secundária?
Essa é a discussão que, segundo a pesquisadora, deu o tom do workshop: decidir se um resultado gerado pela metagenômica faz sentido do ponto de vista clínico e biológico exige reunir, numa mesma mesa, quem gerou o dado no laboratório, quem o analisou na bioinformática e quem conhece o paciente. No formato do curso, essa interação começava num grupo de WhatsApp criado para cada caso desde o início e culminava numa discussão conjunta ao final da etapa de bioinformática.
A presença de pesquisadores japoneses, viabilizada pela cooperação com a Jica, trouxe um contraponto importante. Eles compartilharam a experiência de instituições que já aplicam a metagenômica tanto em pesquisa quanto em atividades de saúde pública no Japão, mas fizeram questão de reconhecer que, mesmo lá, a técnica ainda não integra a rotina assistencial. Padronização, interpretação de resultados e critérios para definir quando usá-la seguem sendo desafios abertos porque não existem ainda critérios bem estabelecidos para incorporar a metagenômica ao diagnóstico clínico de rotina. Por isso, o workshop funcionou como uma primeira semente para uma discussão que ainda tem muito espaço para evoluir.
A equipe do ITpS acompanhou também a etapa laboratorial da primeira semana, da qual não participou presencialmente, pelo grupo de WhatsApp do caso, onde os colegas registravam diariamente cada avanço – da extração de RNA ao sequenciamento – até a chegada da fase de interpretação, na qual a instituição se envolveu diretamente.
