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Monitoramento da Ômicron - relatório 13

DATA DE PUBLICAÇÃO: 25.05.2022

Com dados de 111.372 testes feitos por DB Molecular e Dasa desde 1/2/22, análises do Instituto Todos pela Saúde (ITpS) mostram que a prevalência da Ômicron BA.2 (perfil SGTP) atingiu seu ápice (~90%), e hoje vemos sinais de aumento dos casos com perfil SGTF (provável BA.4/BA.5).



Genomas da sublinhagem BA.1 da Ômicron não têm os códons 69 e 70 do gene S. A falta desse fragmento faz com que testes RT-PCR Thermo Fisher falhem na detecção desse gene (SGTF, S gene target failure), porém outros são detectados (ORF1ab e N), garantindo o diagnóstico.


Genomas da sublinhagem BA.2 da Ômicron, por outro lado, apresentam os códons 69 e 70 do gene S intactos, o que leva à sua detecção (perfil SGTP, S gene target positive). Dessa forma, podemos avaliar a prevalência da BA.2 (SGTP), bem como da BA.1, BA.4 e BA.5 (SGTF).


O perfil SGTF também é observado nas sublinhagens BA.4 e BA.5 da Ômicron, responsáveis pelo aumento no número de casos de covid-19 em muitos países. Para monitorar mudanças na prevalência das sublinhagens da Ômicron, testes RT-PCR Thermo Fisher seguirão sendo úteis.


Usando esse tipo de RT-PCR especial, vimos nas últimas semanas que a prevalência de casos prováveis da sublinhagem BA.2 da Ômicron (perfil SGTP, em cinza) segue alta, fato que explica o constante aumento da positividade de testes (detalhes a seguir).


Nas últimas semanas, a proporção de casos da Ômicron BA.2 chegou a seu ápice: ~90% (linha cinza). No entanto, em paralelo, observou-se também uma leve subida na proporção de casos com perfil SGTF (linha verde), um possível reflexo da disseminação das variantes BA.4 e BA.5.



Desde fevereiro de 2022, observamos casos da Ômicron BA.2 em pelo menos 20 estados e no DF (tons de verde) e 209 municípios (pontos pretos nos mapas). Com a disseminação da BA.2, nas últimas duas semanas a positividade de testes subiu de 18% para 28,8% em nível nacional.



Com dados de testes moleculares, avaliamos a positividade para covid-19 em alguns estados e por faixa etária. Os dados abaixo (semanais) mostram o cenário desde o início de fevereiro de 2022. A positividade de testes segue aumentando nos estados e grupos avaliados.



Em especial no Sudeste, de onde provém grande parte dos dados (>90%), a positividade apresentou aumento mais evidente. Em São Paulo, foi de 19% a 30% entre 7/5 e 21/5. Outros estados do Sudeste também alcançaram patamares elevados (>24%) no mesmo período.



Por faixa etária, aumentos na taxa de positividade de testes de covid-19 têm sido observados em todos os grupos. Entre indivíduos acima de 10 anos, as taxas alcançaram patamares bastante elevados: entre 24% e 35%. Entre crianças de 0-9 anos a positividade chegou a 13%.



Dentro da população amostral disponível, vemos que a Ômicron BA.2 ainda é a principal causa de covid-19 no Brasil. No entanto, sinais iniciais apontam possível disseminação das linhagens BA.4/BA.5. Além disso, é importante atenção a infecções causadas por outros vírus respiratórios.


O aumento no número de casos de covid-19 acende um alerta, pois ocorre num momento em que casos de infecções por outros vírus, como o Vírus Sincicial Respiratório (VSR), segue em alta, em especial em crianças.


O ITpS agradece aos laboratórios privados de diagnóstico DB Molecular, Dasa e HLAGyn, que gentilmente disponibilizaram dados de testagem para nos ajudar a ter uma visão mais apurada do cenário atual.

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