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Monitoramento da Ômicron - relatório 8

DATA DE PUBLICAÇÃO: 23.02.2022

O Instituto Todos pela Saúde (ITpS) analisou 112.530 testes de covid-19 feitos pelos laboratórios DB Molecular e Dasa entre 5/12/21 e 19/2/22. Entre 13 e 19/2, 97% das amostras positivas (1.486 de 1.532) indicavam a sublinhagem BA.1 da Ômicron.



Genomas da sublinhagem BA.1 da Ômicron não têm os códons 69 e 70 do gene S. A falta desse fragmento faz com que testes RT-PCR Thermo Fisher falhem na detecção desse gene (SGTF, S gene target failure), porém outros são detectados (ORF1ab e N), garantindo o diagnóstico.


Desde dezembro de 2021, o ITpS tem utilizado dados de testes RT-PCR (Thermo Fisher) para distinguir amostras com indicativo da Ômicron BA.1. Isso é possível pois o RT-PCR funciona como um sistema de buscas, e a falha na detecção de um dos alvos (o gene S) é indicativo da sublinhagem.



Numa analogia, genomas de variantes seriam como um poema que sofre pequenas modificações ao longo do tempo (exemplo acima). A falta de um pedaço dos genomas das variantes Alfa e Ômicron BA.1 torna possível distingui-las das demais variantes já durante a busca feita pelo RT-PCR.


Usando esse tipo de RT-PCR especial, entre 7 e 19/2 ainda detectamos alta prevalência da sublinhagem BA.1 da Ômicron (97%, em verde). Porém, casos com perfil SGTP (gene S detectado, em cinza) têm sido observados em todas as faixas etárias, indicando BA.2, Delta ou outra variante.



Até o fim da semana 7 (em 19/2), o banco de dados Gisaid apontava 13 casos da sublinhagem BA.2 da Ômicron sequenciados no Brasil. Se a BA.2 avançar pelo país, em nossos monitoramentos veremos a linha cinza (hoje em 3%) subir, reduzindo a proporção de casos da BA.1 (linha verde).



Abaixo, números de casos desde 1/2/2022 por estado e municípios com casos associados a variantes diferentes da Ômicron BA.1. Neste fevereiro, pelo menos 145 casos com perfil SGTP (gene S detectado, provável BA.2, Delta ou outra variante) foram identificados.



A disseminação da sublinhagem BA.2 da Ômicron se dá num momento de queda da positividade de testes no Brasil, que hoje está em torno de 27,4%. Essa queda é um bom sinal. Para manter a transmissão viral em níveis baixos, as medidas de controle usuais seguem sendo importantes.


Os surtos da variante Ômicron não ocorrem em sincronia, ou seja, alguns estados e municípios podem hoje observar uma queda acentuada da positividade, enquanto outros não. Medidas de prevenção devem ser tomadas com base no cenário epidemiológico atual de cada município.


A Ômicron ou qualquer variante do coronavírus são transmitidas por gotículas e pelo ar. As prevenções de infecções por vírus respiratórios são as mesmas que já conhecemos: vacinação, máscara, distanciamento, boa circulação de ar em ambientes fechados e hábitos básicos de higiene.


O ITpS agradece aos laboratórios privados de diagnóstico DB Molecular e Dasa, que gentilmente disponibilizaram dados de testagem (Thermo Fisher) para nos ajudar a ter uma visão mais apurada do cenário atual.

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