O Instituto Todos pela Saúde (ITpS) apresenta a seguir o cenário epidemiológico da covid-19 no Brasil e no mundo nas últimas 10 semanas. Para as análises, o ITpS utilizou dados do Ministério da Saúde, da Johns Hopkins University e do Gisaid.

Brasil

Para avaliar o cenário epidemiológico da covid-19 no Brasil, usamos dados compilados pelo Ministério da Saúde. Em função de atrasos comuns na divulgação dos dados por parte de estados e municípios, os números aqui apresentados podem estar subdimensionados.

As taxas de casos de covid-19 seguem altas, em especial no Centro-Oeste, Sudeste e Sul. Na semana de 24/12, 59,3% (70/118) das macrorregiões de saúde do Brasil tiveram alta incidência (>100 casos por 100 mil hab.). Já na última semana do ano, o índice caiu para 42,3% (50/118).

Nas últimas 4 semanas, macrorregiões de MG, RS e RO têm apresentado aumentos nas taxas de casos. Naqueles estados, as incidências na última semana do ano atingiram níveis acima de 200 casos por 100 mil habitantes (e acima de 400 em algumas macrorregiões).

Dos 3.817 municípios que enviaram dados na última semana, 1.919 (~50%) apresentaram mais de 100 casos por 100 mil habitantes. Em municípios com população maior que 50 mil habitantes, 36% desses estão com altas incidências de casos, reflexo da alta transmissão viral.

A taxa de positividade de testes reflete bem o aumento de casos. Com base em dados de laboratórios privados, avaliamos essa métrica por faixa etária. Hoje observamos sinais de queda da atual onda, mas as taxas de positividade seguem em patamares elevados (20-40%).

Estamos há oito semanas com positividades maiores que 30% em faixas etárias acima de 39 anos. As últimas semanas de dezembro nos mostram que seguimos dentro de uma onda de casos, com perfil similar a segunda onda de 2022, atingindo principalmente adultos/idosos.

Com dados disponíveis no @Gisaid, avaliamos também quais linhagens do SARS-CoV-2 circulam nas diferentes regiões brasileiras. Os dados brasileiros que apresentamos abaixo foram gerados por Fiocruz, Dasa, LNCC, Instituto Butantan, Adolfo Lutz e Lacens, entre outras instituições.

Em certos países e estados, dados de sequenciamento são submetidos ao GISAID com atrasos de algumas semanas. Com isso, as frequências que apresentamos aqui, derivadas de dados parciais, podem estar subestimadas, uma vez que dados recentes ainda serão submetidos.

Com os dados disponíveis, de amostras coletadas entre 23/10 e 31/12/2022, observamos que linhagens BA.5* foram amplamente substituídas pelas BQ.1* na maioria das regiões do Brasil. Outras linhagens, como BE.9, BE.5 e XBB, também circulam, porém em menores frequências.

A vigilância genômica envolve um processo longo e multidisciplinar. Com isso, atrasos entre a coleta das amostras e a submissão dos genomas são comuns. Para contornar isso podemos usar modelos de predição de situação atual (nowcasting) para estimar as frequências das variantes.

Utilizando um modelo multinomial, ajustamos as frequências das variantes considerando um padrão de crescimento logístico. Informados por dados brutos submetidos ao Gisaid (figura abaixo, linha superior), estimamos a frequência mais provável das variantes (linha inferior).

Os dados mostram que a BQ.1* segue como a principal em circulação, seguida da BE.9*, ambas derivadas da BA.5. Até meados de novembro, a recombinante XBB (que deriva da BA.2) era minoritária no Brasil, mas vem crescendo lentamente em frequência desde o fim de outubro.

Uma sublinhagem da XBB, a XBB.1.5, hoje é comum nos EUA, onde cresce rapidamente em frequência. A XBB.1.5 já foi detectada no estado de São Paulo. As consequências dessa variante ao Brasil ainda são incertas, mas é importante seguir monitorando o seu avanço.

Mundo

Na última semana (de 24/12 a 31/12/2022), elevadas taxas de casos de covid-19 também foram observadas em pelo menos outros 21 países (destacados em vermelho no mapa), que apresentam incidências semanais acima de 100 casos por 100 mil habitantes.

No mapa de calor à direita, temos as 20 localidades com as maiores incidências nas últimas 10 semanas, como, Hong Kong (HKG), Coreia do Sul (KOR), Taiwan (TWN), Nova Zelândia (NZL) e Japão (JPN), além de outros 15 países identificados por seus códigos alfa-3 (ISO 3166-1).

Nas últimas semanas, diversas linhagens virais (variantes) da Ômicron têm causado altas de casos pelo mundo. Abaixo temos as frequências das principais linhagens em circulação nas últimas 10 semanas nos 20 países com maiores taxas de incidência de covid-19.

Na Ásia, em locais como Hong Kong (HKG), Coreia do Sul (KOR), Taiwan (TWN), Japão (JPN) e Singapura (SGP), as linhagens BA.5* e suas sublinhagens (como BQ.1*, BF.5 e BF.7), BA.2.75* e a recombinante XBB têm sido as principais responsáveis pela maioria dos casos.

Na Europa, em países como Grécia (GRC), França (FRA), Eslovênia (SVN), Áustria (AUT) e Itália (ITA), a composição de linhagens circulantes tem participação importante das linhagens BQ.1* (derivadas da BA.5.3), seguidas por BF.7, linhagens BA.5* e BA.2.75.

Nas Américas, além do Brasil, Chile (CHL), Peru (PER) e EUA (USA) enfrentam altas taxas de casos, impulsadas principalmente pelas sublinhagens BQ.1*. Nos EUA, porém, a linhagem XBB.1.5 tem aumentado em frequência, mas seus impactos à saúde pública ainda são incertos.

Nos últimos meses, as ondas de covid-19 pelo mundo têm sido geradas por diversas linhagens e sublinhagens da Ômicron, incluindo variantes recombinantes. É importante acompanhar o cenário epidemiológico no mundo, pois ele pode antecipar padrões relevantes ao Brasil.

No atual cenário de alta incidência em estados brasileiros, o risco de infecção pelo SARS-CoV-2 é alto e requer atenção, em especial dos mais vulneráveis, como idosos, imunossuprimidos e os não vacinados. O uso de máscara em locais fechados e/ou lotados é recomendável.

O ITpS agradece aos laboratórios das instituições Fiocruz, Dasa, LNCC, Instituto Butantan, Adolfo Lutz, Lacens e as demais instituições responsáveis pelo sequenciamento de genomas de SARS-CoV-2 nas últimas 10 semanas no Brasil e no mundo.

Agradecemos também aos laboratórios privados DB Molecular, HLAGyn, Dasa e Sabin, que gentilmente disponibilizaram dados de testagem (RT-PCR e Flow Chip) para nos ajudar a ter uma visão mais apurada do cenário atual da epidemia de covid-19 no Brasil.

We gratefully acknowledge all data contributors, i.e. the Authors and Originating labs, responsible for obtaining the specimens, and their Submitting labs for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative (*), on which this research is based.

* Elbe, S., and Buckland -Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46. DOI: 10.1002/gch2.1018

https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gch2.1018