pesquisa

Monitoramento das variantes do SARS-CoV-2 - relatório 3

DATA DE PUBLICAÇÃO: 01.11.2021

Semanas 37 a 42


Variantes detectadas nas cinco regiões brasileiras: com amostras coletadas de 12/09 a 23/10/2021, 4.155 genomas foram sequenciados por laboratórios independentes:



  • Delta = 3.874 (93,24%)

  • Gama = 257 (6,19%)

  • Outras = 24 (0,58%)


As análises são do pesquisador científico Anderson Brito, do Instituto Todos pela Saúde (ITpS)



Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.


Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados e as cores indicam as variantes.



Nos mapas abaixo, vemos os municípios de origem dos genomas sequenciados nas últimas semanas. Apenas genomas submetidos com o nome da cidade de origem são mostrados no mapa. Para saber sobre a cobertura estadual, veja o primeiro mapa (acima).


Dados de vigilância genômica da região Norte. 253 genomas sequenciados por dois laboratórios:



  • Delta = 166 (65,61%)

  • Gama = 87 (34,39%)

  • Outras = 0 


Com dados de: Fiocruz (RJ/AM)


 



Dados de vigilância genômica da região Nordeste. 274 genomas sequenciados por três laboratórios:



  • Delta = 261 (95,26%)

  • Gama = 13 (4,74%)

  • Outras = 0


Com dados de: Fiocruz (RJ/PE) e LACEN/BA



Dados de vigilância genômica da região Centro-Oeste. 205 genomas sequenciados por dois laboratórios:



  • Delta = 169 (82,44%)

  • Gama = 36 (17,56%)

  • Outras = 0


Com dados de: HLAGYN e UFMT



Dados de vigilância genômica da região Sudeste. 3.375 genomas sequenciados por oito laboratórios:



  • Delta = 3.230 (95,70%)

  • Gama = 121 (3,59%)

  • Outras = 24 (0,71%)


Com dados de: Butantan, Fiocruz (RJ), HLAGYN, Hospital Israelita Albert Einstein, FAMERP, LNCC, Adolfo Lutz e FMABC



A sub-linhagem AY.43 (Delta) foi detectada em pelo menos 16% das amostras da região Sudeste e já é observada em outras regiões. Esse dado por si só não indica que AY.43 tenha qualquer propriedade biológica especial. Para entender isso, novas investigações são necessárias.


Dados de vigilância genômica da região Sul. 48 genomas sequenciados por um laboratório:



  • Delta = 48 (100%)

  • Gama = 0

  • Outras = 0 


Com dados de: Fiocruz (RJ)



No relatório desta semana, as sublinhagens (de Delta, Gama e outras) foram identificadas utilizando as últimas atualizações do sistema de classificação proposto pelo @PangoNetwork (versão 1.2.91, de 28/10/2021).


https://github.com/cov-lineages/pango-designation/releases


Com base em mais de 4.000 casos sequenciados nas últimas semanas, disponibilizados publicamente no Gisaid.org, nenhum caso associado à sublinhagem AY.4.2 (encontrada no Reino Unido) foi reportado e apenas seis casos ligados à AY.33 (observada em Belém) foram detectados.


Para navegar, filtrar e interagir com algumas das informações apresentadas acima, clique aqui. O ITpS agradece aos pesquisadores e laboratórios que coletaram, geraram e submeteram os dados e metadados, aqui apresentados, para o banco de dados Gisaid.


We gratefully acknowledge all data contributors, i.e. the Authors and Originating labs, responsible for obtaining the specimens, and their Submitting labs for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative (*), on which this research is based.


* Elbe, S., and Buckland -Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46. DOI: 10.1002/gch2.1018


https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gch2.1018

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