Semanas 39 a 44
Variantes detectadas nas cinco regiões brasileiras: com amostras coletadas de 26/09 a 06/11/2021, 2.958 genomas foram sequenciados por laboratórios independentes:
As análises são do pesquisador científico Anderson Brito, do Instituto Todos pela Saúde (ITpS).
Nos painéis abaixo, vemos as proporções de cada sublinhagem das principais variantes em circulação no Brasil. Tais proporções devem ser avaliadas com cautela, pois não sabemos ao certo quais estratégias de amostragem foram usadas. Logo, existem vieses.
Proporções (%) das variantes detectadas no Brasil em cada semana (datas = último dia das semanas). No mapa, o tamanho dos círculos (pizzas) denotam a quantidade de genomas amostrados nos estados e as cores indicam as variantes.
No relatório desta semana, as sublinhagens (de Delta, Gama e outras) foram identificadas utilizando as últimas atualizações do sistema de classificação proposto pelo @PangoNetwork (pangoLEARN 2021-11-04, e designações da versão 1.2.94).
Após as recentes atualizações de classificação de linhagens, a sublinhagem AY.99.2 da variante Delta se mostra como a mais prevalente nas cinco regiões do Brasil. Vírus desta linhagem foram detectados em ~50% das amostras coletadas entre 26/09 a 06/11/2021.
Nos mapas abaixo, vemos os municípios de origem dos genomas sequenciados nas últimas semanas. Apenas genomas submetidos com o nome da cidade de origem são mostrados no mapa. Para saber sobre a cobertura estadual, veja o primeiro mapa (acima).
Dados de vigilância genômica da região Norte. 163 genomas sequenciados por dois laboratórios:
Com dados de: Fiocruz (RJ/AM)
Dados de vigilância genômica da região Nordeste. 206 genomas sequenciados por dois laboratórios:
Com dados de: Fiocruz (RJ/PE)
Dados de vigilância genômica da região Centro-Oeste. 50 genomas sequenciados por um laboratório:
Com dados de: HLAGYN
Dados de vigilância genômica da região Sudeste. 2.372 genomas sequenciados por cinco laboratórios:
Com dados de: Butantan, Fiocruz (RJ), Hospital Israelita Albert Einstein, FAMERP e Adolfo Lutz
Sendo o Sudeste a região do Brasil com melhor cobertura de vigilância genômica, na tendência atual, a detecção de sublinhagens da variante Gama (P.1s) se tornará menos provável, dada a menor prevalência e também a predominância das sublinhagens da Delta (AYs).
Dados de vigilância genômica da região Sul. 167 genomas sequenciados por dois laboratórios:
Com dados de: Fiocruz (RJ) e Feevale
Na região Sul foi identificada a circulação da sublinhagem AY.101 da variante Delta, detectada em 74 da 176 amostras sequenciadas (42%). Ela também foi detectada no Chile, Peru e outros 37 países. Ainda não existem informações adicionais sobre a AY.101. Para saber mais, clique aqui.
A vigilância genômica do Brasil, feita por vários laboratórios independentes, mostra a circulação de novas sublinhagens da Delta. Diante do cenário atual na Europa, de aumento na incidência de covid-19 após flexibilizações, iniciativas de vigilância seguem sendo essenciais.
Para navegar, filtrar e interagir com algumas das informações apresentadas acima, clique aqui. O ITpS agradece aos pesquisadores e laboratórios que coletaram, geraram e submeteram os dados e metadados, aqui apresentados, para o banco de dados Gisaid.
We gratefully acknowledge all data contributors, i.e. the Authors and Originating labs, responsible for obtaining the specimens, and their Submitting labs for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative (*), on which this research is based.
* Elbe, S., and Buckland -Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46. DOI: 10.1002/gch2.1018
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gch2.1018
