O Instituto Todos pela Saúde (ITpS) apresenta a seguir o cenário epidemiológico da covid-19 no Brasil e no mundo nas últimas 10 semanas. Para as análises, o ITpS utilizou dados do Ministério da Saúde, da Johns Hopkins University e do Gisaid.
Para avaliar o cenário epidemiológico da covid-19 nos estados brasileiros, apresentamos acima a taxa semanal de casos (casos por 100 mil habitantes), utilizando esquema de faixas de incidência similar ao do Centro de Controle de Doenças dos EUA (CDC).
Ao compararmos as taxas de casos de covid-19 nas 118 macrorregiões brasileiras de saúde (agrupamentos de municípios), vemos um aumento expressivo no número de localidades - de 2 para 40 - com alta incidência da doença entre o fim de setembro e o início de dezembro.
Nas últimas quatro semanas, na maioria dos estados brasileiros, observamos que as taxas de casos de covid-19 cresceram de níveis moderados (menos de 50 casos por 100 mil hab.) para níveis elevados, reflexo direto do aumento do número de casos na atual onda de covid-19.
Na última semana, as principais macrorregiões de saúde com elevadas taxas de casos estão nos estados de ES, MG, SC, DF e PB. Nesses estados, algumas macrorregiões enfrentam taxas de casos acima de 200 por 100 mil habitantes. No ES, as taxas alcançaram níveis acima de 400.
Outra métrica que reflete o aumento de casos é a taxa de positividade de testes, que o ITpS tem apresentado em seus relatórios com base em dados de laboratórios privados parceiros. Desde o início de novembro observamos altas taxas de positividade (>20%) em quase todas faixas etárias.
Utilizando os dados disponíveis no Gisaid, podemos avaliar quais linhagens do SARS-CoV-2 circulam nas diferentes regiões brasileiras. Os dados brasileiros que apresentamos abaixo foram gerados por Dasa, Fiocruz, Instituto Butantan e Lacens (ES/BA), entre outras instituições.
Os dados disponíveis provêm de amostras coletadas entre 25/9 e 18/11/2022. Os dados revelam que, até meados de novembro, observamos no Brasil o predomínio das sublinhagens BA.5*, seguidas por sublinhagens BQ.1* – essa última a principal variante no Sudeste no período destacado acima.
A geração de dados genômicos passa por um processo complexo e multidisciplinar. Com isso, é comum que haja atrasos entre a coleta das amostras e a submissão dos genomas. Para contornar isso, podemos usar modelos de nowcasting para predizer, no momento atual, as frequências mais prováveis das variantes.
Utilizando um modelo multinomial é possível ajustar as frequências das variantes fazendo um nowcasting considerando um padrão de crescimento logístico. Informado pelos dados existentes no Gisaid (mostrados na linha superior), estimamos a frequência mais provável das variantes (linha inferior).
Com base nos dados ajustados com nowcasting, observamos que a variante BQ.1* vem crescendo em frequência em quase todas as regiões brasileiras e provavelmente já é predominante no Centro-Oeste, Nordeste e Sudeste.
O padrão de elevadas taxas de casos de covid-19 não é observado apenas no Brasil. Nas últimas 10 semanas, outros países também apresentaram altos valores. Acima, à esquerda, temos as taxas de casos semanais no mundo, na última semana (de 27/11 a 3/12/2022).
No mapa de calor acima (à direita), temos os 20 países com as maiores incidências de covid-19 nas últimas 10 semanas, entre eles Taiwan (TWN), Áustria (AUT), Hong Kong (HKG), Coreia do Sul (KOR) e Grécia (GRC), além de outros 15 países identificados por seus códigos alfa-3 (ISO 3166-1).
O aumento no número de casos em regiões pelo mundo levanta a pergunta: quais linhagens virais (variantes) têm causado esse aumento? Acima temos respostas para as últimas 10 semanas nos 20 países com maiores taxas de casos, apresentados anteriormente.
Na Ásia, em locais como Taiwan (TWN), Hong Kong (HKG), Coreia do Sul (KOR), Singapura (SGP) e Japão (JPN), as linhagens BA.5* e as sublinhagens (como BF.5 e BF.7), a BA.2.75* e a recombinante XBB têm sido as principais responsáveis pela maioria dos casos na região.
Na Europa, em países como Áustria (AUT), Grécia (GRC), Eslovênia (SVN), França (FRA) e Alemanha (DEU), a composição de linhagens circulantes é similar à da Ásia, porém com participação importante da linhagem BQ.1* (derivada da BA.5.3), principalmente no território francês.
Na América do Sul, o cenário observado no Chile chama atenção. O país enfrenta altas taxas de casos (acima de 100 por 100 mil hab.) há mais de 10 semanas. Por lá, as variantes predominantes têm sido a BA.4.6 e a BF.31* (derivada da BA.5.2).
Nos últimos dois meses, as ondas de covid-19 pelo mundo têm sido geradas por diversas linhagens e sublinhagens da Ômicron, incluindo variantes recombinantes. É importante acompanhar o cenário epidemiológico no mundo, pois ele pode antecipar padrões relevantes ao Brasil.
O ITpS agradece aos laboratórios privados DB Molecular, HLAGyn e Dasa, que gentilmente disponibilizaram dados de testagem (RT-PCR e Flow Chip) para nos ajudar a ter uma visão mais apurada do cenário atual das epidemias de patógenos respiratórios.
We gratefully acknowledge all data contributors, i.e. the Authors and Originating labs, responsible for obtaining the specimens, and their Submitting labs for generating the genetic sequence and metadata and sharing via the GISAID Initiative (*), on which this research is based.
* Elbe, S., and Buckland -Merrett, G. (2017) Data, disease and diplomacy: GISAID’s innovative contribution to global health. Global Challenges, 1:33-46. DOI: 10.1002/gch2.1018
https://onlinelibrary.wiley.com/doi/10.1002/gch2.1018
